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STORES 決済の確定申告｜売上と手数料の書き方・年末の入金・インボイスはどこ？

2026年10月27日 時点の情報この記事には広告リンクが含まれます

先に結論

• 売上は、STORESから入金された金額ではなく、お客さんが払った金額で書きます。引かれた決済手数料（加盟店手数料）は「支払手数料」で経費にします。
• お店でその場で払ってもらう売上は、お会計した日の売上です。自動入金だと12月の売上は次の年の1月20日ごろに入りますが、それでも前の年の売上です。
• 手数料の消費税は、決済方法によって分かれます。カード・iD・QUICPay・d払いなどは非課税、交通系電子マネー・PayPay・楽天ペイは課税です。
• 手数料のインボイスは、管理画面の「売上一覧」の印刷ページです。お客さんに渡すレシート（カードの控え）はインボイスになりません。

STORES 決済のお金の流れ

STORES 決済では、お客さんが払ったお金から決済手数料が引かれて、残りがあなたの口座に入金されます。手数料は「決済方法ごとの売上金額×手数料率」で計算し、1円未満は四捨五入です（STORES 決済 よくある質問「加盟店手数料の計算方法」）。

手数料と入金（2026年10月27日にSTORES 決済の料金ページ・よくある質問「売上の入金日はいつですか？」で確認）：

手動入金の振込依頼は、売上合計1,000円からです。自動入金で1,000円未満の月は、翌月に繰り越されます（よくある質問「売上の入金設定・振込依頼の方法」）。

ほかの決済サービスと手数料をくらべたいときは、キャッシュレス決済の手数料計算で、毎月の売上を入れると1年分の手数料が出せます。

売上は「いくら」「いつ」で書く？

いくら：お客さんが払った金額

入金された金額を売上にすると、手数料のぶん売上が小さく、経費も小さく見えます。もうけ（所得）の金額は同じでも、売上の数字がずれると、消費税の計算や、帳簿と決算書の数字合わせで困ります。売上は総額、手数料は経費と分けて書きましょう。

いつ：お会計した日

物を売ったときの売上は、商品を引き渡した日の年の分です（国税庁 所得税基本通達36-8の2）。お店のレジで STORES 決済を使うなら、お会計とお渡しが同じ日なので、お会計した日＝売上の日と考えればわかりやすいです。入金された日でも、振込依頼をした日でもありません。

仕訳の例

フリープランのお店で、3,000円の商品がクレジットカードで売れたとき。手数料は 3,000円×2.48%＝74.4円 → 四捨五入で74円。口座に入るのは2,926円です。

手動入金で、売上合計が10万円未満のときに振込依頼をすると、200円の振込手数料も引かれます。そのときは入金の日に「支払手数料 200」を足して、普通預金をそのぶん少なく書きます。

• 「売掛金」は、まだ受け取っていないお金を書く科目です。STORESからの入金待ちのお金のことだと思ってください。
• 会計ソフトを銀行口座とつないでいると、入金が「売上」として自動で入り、売上が二重になることがあります。入金は「売掛金が口座に移っただけ」なので、売上にしないでください。
• 毎回1件ずつ書くのが大変なら、1日ごと（または1か月ごと）の合計で「売上」と「支払手数料」を書く方法もあります。合計の数字は、下の売上一覧で出せます。

年末の売上と入金のずれ

STORES 決済で間違えやすいのがここです。入金のしかたによって、年末の売上がいつ口座に入るかが大きく変わります。

2026年の暦で考えた例です。入金日は、管理画面の入金履歴でかならず確かめてください。ちなみに2026年11月分の自動入金は、12月20日が日曜日なので12月21日（月）になります。

手動入金で、振込依頼をしないまま売上をためている方も同じです。依頼していない売上も、会計した日の年の売上です。

データの出し方

確定申告に使うのは、主に次の2つです。どちらもパソコンかiPadでWeb管理画面を開いて出します（スマホではCSVをダウンロードできません）。画面の名前は変わることがあるので、見つからないときは公式ヘルプを見てください。

1. 売上一覧（1年の売上と手数料の合計）

1. Web管理画面にログインし、［売上］を開く（左にメニューがある画面では、［ホーム］→［売上］→ 対面キャッシュレス決済の［詳細］）。
2. 期間を選ぶ（確定申告なら1月1日〜12月31日）。
3. 右上の「・・・」から［CSV］を押すとCSVでダウンロード、［印刷ページを表示］で一覧を表示できます。

出典：STORES 決済 よくある質問「売上一覧をダウンロード・印刷する方法」

2. 入金履歴（口座の入金とつき合わせる）

1. Web管理画面で［入金］→［入金履歴］を開く（左にメニューがある画面では、［設定］→［入金］→［入金履歴］）。
2. 入金の行を押して［取引一覧］を見ると、その入金にどの売上が入っているかがわかります。
3. 入金履歴もCSVでダウンロードできます。

出典：STORES 決済 よくある質問「入金履歴の確認方法とステータス一覧」

• 売上一覧のCSVには「加盟店手数料（消費税率）」「加盟店手数料（消費税額）」の列があります（よくある質問）。ほかの列の名前はヘルプに書かれていないので、最初の1か月分くらいは、管理画面の数字・口座の入金と見くらべておくと安心です。
• STORES ではこのCSV・印刷ページを「オプション機能のため、予告なく仕様が変更される場合がある」としています。年が明けたら早めに1年分を保存しておきましょう。
• 現金で受け取った売上は、STORES 決済からは入金されません。現金の売上は、レジのしめや手帳などで別に記録しておきましょう。

消費税とインボイス

消費税の免税事業者の方は、手数料の消費税を気にしなくて大丈夫です。課税事業者の方は、次のことを知っておいてください。

手数料の課税・非課税は決済方法で分かれる

出典：STORES 決済 よくある質問「加盟店手数料は課税・非課税どちらですか？」・「振込手数料はかかりますか？」（2026年10月27日に確認）

ですから、原則の計算（本則課税）で消費税を出す方は、支払手数料を「非課税」と「課税10%」に分けて帳簿に書きます。課税の分は手数料の中に消費税が入っている（内税）ので、手数料に10%を足さないでください。分け方は、売上一覧の「加盟店手数料（消費税額）」を見るとわかります。

インボイスになるもの・ならないもの

出典：加盟店手数料のインボイス・振込手数料のインボイス・決済端末のインボイス（STORES 決済 よくある質問）。STORES 株式会社の登録番号は T8010401098864 です。

簡易課税や2割特例で消費税を計算する方は、手数料のインボイスを保存しなくても仕入税額控除が受けられます（国税庁 インボイス制度）。ほかの決済サービスの課税区分は、キャッシュレス決済の手数料の仕訳と消費税に会社ごとにまとめています。Square は手数料が全部「不課税」と、STORES とはちがうので、両方使っている方はSquareの確定申告もどうぞ。

確定申告がいるかの目安

ここで言う金額は、売上ではなく「所得」（売上−経費）です。STORESの手数料・月額料金・端末代・仕入れ・家賃なども経費に入ります。

• 会社で働きながら副業でお店をしている方：給与が1か所で年末調整を受けていて、給与以外の所得の合計が20万円を超えると、確定申告が必要です（国税庁 タックスアンサーNo.1900）。
• お店が本業の方：1年の所得の合計が、基礎控除などの所得控除の合計を超えて、税金が出るときは確定申告が必要です（国税庁 タックスアンサーNo.2020）。基礎控除は令和7年分から所得の金額や年分によって変わるので、国税庁 タックスアンサーNo.1199で確かめてください。
• 申告の期間は、原則として次の年の2月16日から3月15日までです（国税庁）。

所得税の確定申告がいらない場合でも、住民税の申告が必要なことがあります。くわしくはお住まいの市区町村に確かめてください。STORES ネットショップは入金の仕組みが STORES 決済とは別です（BASEとSTORESの比較）。BASEでネット販売もしている方は、BASEの確定申告も読んでみてください。

決済サービスをこれから選ぶ方・見直したい方は、キャッシュレス決済の選び方で、入金の早さや手数料のちがいをまとめています。STORES 決済の料金は公式サイトでも確かめてください。

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