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PayPay（お店側）の確定申告｜売上と手数料の仕訳・年末の入金・インボイスはどれ？

2026年10月29日 時点の情報この記事には広告リンクが含まれます

この記事は、PayPayと直接契約して「PayPay for Business」（お店用の管理画面）を使っている方向けです。Airペイ・STORES 決済などのレジや端末の中でPayPayを受けている方は、手数料も入金もその会社の決まりになります（Airペイの確定申告・STORES 決済の確定申告）。

先に結論

• 売上は、PayPayから振り込まれた金額ではなく、お客さんが払った金額で書きます。引かれた決済システム利用料は「支払手数料」で経費にします。
• 売上の日はお会計した日です。PayPayの入金は月末締めの月1回（早期振込を使わない場合）なので、12月の売上はまるごと次の年の1月に入金されます。それでも前の年の売上です。
• 決済システム利用料は消費税がかかる手数料です。率（1.98%・ライトプランなら1.60%）は税別で、消費税を足した額が売上から引かれます。
• インボイスは「請求書（利用料等 請求書）」と、「支払明細書」の振込手数料等の部分です。「精算書」はインボイスではありません。どれもパソコンのWeb版からダウンロードします。

PayPayのお金の流れ

PayPayでは、お客さんが払ったお金から決済システム利用料（手数料）が引かれて、残りがあなたの口座に振り込まれます。手数料は1回の取引ごとに「取引金額×率」で出し、そこに消費税を足した額が売上から差し引かれます（PayPay ヘルプ「各種利用料一覧」・「入金額が合わない」）。

手数料と入金（2026年10月29日にPayPay「費用と振込サイクル」・各種利用料一覧・入金サイクルとはで確認）：

金額はすべて税別で、別に消費税がかかります。PayPayの公式ページは「掲載内容は予告なく変更する場合があります」としているので、申し込むときは公式でも確かめてください。

PayPayのほかにカードも受けたいときは、キャッシュレス決済の手数料計算で、毎月の売上を入れると決済サービスごとの1年分の手数料が出せます。

売上は「いくら」「いつ」で書く？

いくら：お客さんが払った金額

振り込まれた金額を売上にすると、手数料のぶん売上が小さく、経費も小さく見えます。もうけ（所得）は同じでも、売上の数字がずれると、消費税の計算や、帳簿と決算書の数字合わせで困ります。売上は総額、手数料は経費と分けて書きましょう。

いつ：お会計した日

物を売ったときの売上は、商品を引き渡した日の年の分です（国税庁 所得税基本通達36-8の2）。お店でPayPayを受けるなら、お会計とお渡しが同じ日なので、お会計した日＝売上の日と考えればわかりやすいです。振り込まれた日ではありません。

仕訳の例

ある月のPayPayの売上が50,000円、ライトプランなし（1.98%）、PayPay銀行で受け取るとき。手数料は 50,000円×1.98%＝990円、消費税10%が99円。口座に入るのは 50,000−990−99＝48,911円です。

• 例は端数が出ない金額にしています。実際の手数料と消費税は、帳簿をPayPayの「請求書」と入金履歴の金額に合わせてください。
• 消費税を「税抜」で帳簿につける方（税抜経理）は、支払手数料 990・仮払消費税 99 に分けます。免税事業者の方や税込経理の方は、上の例のように 1,089 のままで大丈夫です。
• PayPayは手数料を月の入金のときにまとめて引くので、手数料は入金の日に書くとわかりやすいです。ただし12月分は入金が次の年になるので、12月31日の日付で12月分の手数料を書いておきます（下の年末の話）。
• 「売掛金」は、まだ受け取っていないお金を書く科目です。PayPayからの振込待ちのお金のことだと思ってください。会計ソフトを銀行口座とつないでいると、入金が「売上」として自動で入り、売上が二重になることがあります。入金は売上にしないでください。
• ライトプランの月額・クーポンの利用料も売上から引かれます。これも「支払手数料」（または「広告宣伝費」など、自分で決めた科目）で経費にします。

年末の売上と入金のずれ

PayPayは月末締めです。12月31日の23時59分までにお会計が済んだ取引が、12月分として1回で振り込まれます（ヘルプ「入金額が合わない」）。つまり12月の1か月分の売上が、まるごと年をこえて入金されます。

2026年12月分の入金日の目安（ヘルプ「入金サイクルとは」・「土日祝日にかかる場合」の決まりと、銀行の休み〔12月31日〜1月3日〕から計算）：

PayPayは2026年末の入金カレンダーを出していないので、上の日付は決まりから出した目安です。システムのメンテナンスや銀行の都合で変わることがあるので、本当の入金日はPayPay for Businessの「入金」で確かめてください。

早期振込サービス（自動）を使っている方は、売上が決めた金額をこえるたびに入金されるので、年をこえる分は12月の終わりの数日分だけになります。それでも12月31日の売上は1月の入金なので、考え方は同じです（ヘルプ「早期振込サービスとは」）。

データの出し方

PayPay for Businessには、確定申告に使えるデータが3つあります。ファイルのダウンロードはパソコンのブラウザ（Web版）からで、スマホのアプリではできません（ヘルプ「確定申告に関するよくある質問」）。

出典：PayPay ヘルプ 取引履歴のファイルをダウンロードする・入金履歴のファイルをダウンロードする・請求書・支払明細書・精算書をダウンロードする（2026年10月29日に確認）

• 取引履歴のCSVは、ZIPの圧縮ファイルで、取引1,000件ごとにファイルが分かれます。Excelで「取引番号」がおかしく表示されるときは、ヘルプに直し方があります。
• 入金履歴は「入金ごと」なので、1年分の売上を出すなら1月〜12月の入金に加えて、次の年の1月の入金（＝12月分）まで見ます。逆に、その年の1月の入金は前の年の12月分です。
• どれも見られる期間に限りがあります。確定申告が終わったら、1年分をダウンロードして、年ごとのフォルダなどにとっておきましょう。
• 税理士さんに見てもらうときは、PayPay for Businessのサブユーザーに税理士さんを追加し、「ブランド」の権限と「入金/口座情報/適格請求書の閲覧」の権限をつけると、直接データを見てもらえます（ヘルプ）。
• PayPayのヘルプにも「確定申告に使用する際は、あらかじめ税理士や管轄の税務署に確認を」と書かれています。

消費税とインボイス

消費税の免税事業者の方は、手数料の消費税を気にしなくて大丈夫です。課税事業者の方は、次のことを知っておいてください。

決済システム利用料は「課税」

PayPayの決済システム利用料・ライトプランの月額・振込手数料などは、どれも消費税がかかります（率や金額は税別で表示）。クレジットカードの手数料のように「非課税」ではありません（ヘルプ「決済システム利用料」・「入金額が合わない」）。カードも別の会社で受けている方は、帳簿でカードの手数料（非課税が多い）とPayPayの手数料（課税）を分けて書きましょう。ほかの決済サービスの区分はキャッシュレス決済の手数料の仕訳と消費税にまとめています。

インボイスになるもの・ならないもの

出典：PayPay ヘルプ「PayPayの適格請求書（インボイス）と各帳票の違い」（2026年10月29日に確認）。インボイスは2023年10月1日以降の取引の分だけ出ています。郵送はなく、Web版からのダウンロードだけです。

インボイスに書かれるPayPayの登録番号は T5010001192707 です（ヘルプ「弊社の適格請求書発行事業者登録番号について」）。国税庁の公表サイトでも確かめられます。

簡易課税や2割特例で消費税を計算する方は、手数料のインボイスを保存しなくても仕入税額控除が受けられます（国税庁 インボイス制度）。

確定申告がいるかの目安

ここで言う金額は、売上ではなく「所得」（売上−経費）です。PayPayの手数料・ライトプランの月額・仕入れ・家賃なども経費に入ります。

• 会社で働きながら副業でお店をしている方：給与が1か所で年末調整を受けていて、給与以外の所得の合計が20万円を超えると、確定申告が必要です（国税庁 タックスアンサーNo.1900）。
• お店が本業の方：1年の所得の合計が、基礎控除などの所得控除の合計を超えて、税金が出るときは確定申告が必要です（国税庁 タックスアンサーNo.2020）。基礎控除は令和7年分から所得の金額や年分によって変わるので、国税庁 タックスアンサーNo.1199で確かめてください。
• 申告の期間は、原則として次の年の2月16日から3月15日までです（国税庁）。

所得税の確定申告がいらない場合でも、住民税の申告が必要なことがあります。くわしくはお住まいの市区町村に確かめてください。Squareも使っている方はSquareの確定申告もどうぞ。

PayPayだけでなくカードや電子マネーも受けたい方は、キャッシュレス決済の選び方で、入金の早さや手数料のちがいをまとめています。PayPayの料金は公式サイトでも確かめてください。

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