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キャッシュレス決済の確定申告｜売上・手数料・年末の入金・インボイスを5社でくらべる

2026年10月30日 時点の情報この記事には広告リンクが含まれます

先に結論（どの会社でも同じこと）

• 売上は、振り込まれた金額ではなく、お客さんが払った金額で書きます。引かれた手数料は「支払手数料」で経費にします。
• 売上の日はお会計した日です（ネットショップなら発送した日などで、毎年同じやり方に）。振り込まれた日ではありません（国税庁 所得税基本通達36-8の2）。
• だから、12月の売上で1月に入ってくる分は前の年の売上です。12月31日の帳簿に「売掛金」として残します。どれくらい年をこえるかは会社でちがいます（表①）。
• 手数料の消費税は会社と支払い方法でちがいます。同じd払いでも、STORESは非課税、Airペイは課税です（表②）。
• 手数料のインボイスは、会社ごとに出る場所がちがううえに、出ない会社もあります（表③）。

仕訳の型は1つだけ

どの会社でも、お金の流れは「お客さんが払う → 決済会社が手数料を引く → 残りが口座に入る」です。帳簿は次の2行でできます。たとえば売上3,000円・手数料97円・入金2,903円なら：

• 「売掛金」は、まだ受け取っていないお金を書く科目です。決済会社からの振込待ちのお金のことだと思ってください。
• PayPay（直接契約）のように手数料を月の入金でまとめて引く会社は、手数料を入金の日に書いてもかまいません。ただし12月分は、12月31日の日付で書いておきます（くわしくはPayPayの確定申告）。
• 勘定科目や消費税の書き方（税抜経理・税込経理）はキャッシュレス決済の手数料の仕訳と消費税にまとめています。

会社ごとのちがい① 締めと年末の入金

年をこえて入ってくる売上の量は、締め日と入金の回数で決まります。2026年12月の売上がいつ入るかを、各社の決まりと2026年の暦から出しました。

出典：PayPay ヘルプ「入金サイクルとは」・STORES 決済 よくある質問「入金日」・Airペイ よくある質問と振込カレンダー・Squareヘルプ「振込と売上を照合する」・BASEヘルプ「振込申請の期限」（2026年10月25日〜30日に確認）。年末年始の日付は銀行の休み（12月31日〜1月3日）から出した目安です。本当の入金日は各社の管理画面で確かめてください。

会社ごとのくわしい表は、PayPay・STORES 決済・Airペイ・Square・BASEの各記事にあります。

会社ごとのちがい② 手数料の消費税

消費税の免税事業者の方は、ここは読みとばして大丈夫です。課税事業者の方は、手数料を「課税」と「非課税・不課税」に分けて帳簿につける必要があります。

クレジットカードの手数料は、国税庁の質疑応答で非課税とされています（カード会社が売上の債権を買い取る形のため。国税庁 質疑応答「クレジット手数料」）。電子マネーやQRコード決済は、決済会社との契約の形で分かれるので、各社の表示に従います。

出典：STORES 決済「加盟店手数料は課税・非課税どちらですか？」・Airペイ「決済手数料・振込手数料」・Square「決済手数料について」・PayPay ヘルプ・BASEヘルプ「インボイス制度への対応」（2026年10月30日に確認）

手数料そのものの大きさをくらべたいときは、キャッシュレス決済の手数料計算で毎月の売上を入れると、会社ごとの1年分が出ます（このサイトの計算は、課税の手数料も税込にそろえています）。

会社ごとのちがい③ インボイスとデータ

課税の手数料で消費税を差し引く（仕入税額控除）には、原則としてインボイスの保存がいります。非課税・不課税の手数料には、インボイスはいりません。また、簡易課税や2割特例で計算する方は、インボイスを保存しなくても差し引けます（国税庁 インボイス制度）。

出典：PayPay「適格請求書と各帳票の違い」・STORES 決済「加盟店手数料のインボイス」・Airペイ「振込明細の確認とCSV出力」・Square「決済手数料について」・BASEヘルプ（2026年10月25日〜30日に確認）

いくつも使っているお店のコツ

「カードはAirペイ、PayPayは直接」のように、2社以上を使っているお店は多いと思います。まちがえにくくするコツは3つです。

1. 売掛金を会社ごとに分ける：会計ソフトの「補助科目」で「売掛金（PayPay）」「売掛金（Airペイ）」のように分けると、入金とのつき合わせが会社ごとにできます。12月31日に残っている額が、表①の「年をこえる売上」と合っているかも見やすくなります。
2. 手数料も課税と非課税で分ける：同じ「支払手数料」でも、税区分を会社・支払い方法ごとに設定しておきます（表②）。
3. 同じお会計を2回数えない：たとえばAirペイでPayPayを受けた分は、Airペイの明細に入ります。PayPayの直接契約と両方にある取引ではありません。どの明細から売上を拾うかを決めておきましょう。

年末と申告前のチェックリスト

• □ 12月31日の時点で、会社ごとの売掛金の残りが、1月に入ってくる12月分の金額（手数料を引いたあと）と合っている
• □ 1月の入金を、新しい年の売上にしていない（売掛金を消しただけ）
• □ 1回の入金に12月分と1月分がまざっていたら、取引した日で分けた（Airペイ・Squareなど）
• □ 12月分の手数料を、前の年の経費に入れた（PayPayの直接契約など、入金時に引かれる会社）
• □ 課税事業者なら、手数料を課税・非課税・不課税に分けた（表②）
• □ 本則課税なら、課税の手数料のインボイスを保存した（表③）
• □ BASEは、振込申請の期限が切れそうな売上がない
• □ 1年分のCSV・帳票をダウンロードして保存した

確定申告がいるかの目安

ここで言う金額は、売上ではなく「所得」（売上−経費）です。決済の手数料も経費に入ります。

• 会社で働きながら副業でお店をしている方：給与が1か所で年末調整を受けていて、給与以外の所得の合計が20万円を超えると、確定申告が必要です（国税庁 タックスアンサーNo.1900）。
• お店が本業の方：1年の所得の合計が、基礎控除などの所得控除の合計を超えて、税金が出るときは確定申告が必要です（国税庁 タックスアンサーNo.2020）。基礎控除は令和7年分から所得の金額や年分によって変わるので、国税庁 タックスアンサーNo.1199で確かめてください。
• 申告の期間は、原則として次の年の2月16日から3月15日までです（国税庁）。

所得税の確定申告がいらない場合でも、住民税の申告が必要なことがあります。お住まいの市区町村に確かめてください。

これから決済サービスを選ぶ方・見直したい方は、キャッシュレス決済の選び方で入金の早さや手数料のちがいを、かんたん診断でお店に合うサービスを確かめられます。